Le prieuré fut vraisemblablement fondé au XIe siècle (1060) par Raoul Ier, vicomte de Beaumont, qui fit don de l’Église Saint-Hippolyte de Vivoin et d’un château attenant (aujourd’hui entièrement disparu) à l’abbaye bénédictine de Marmoutier près de Tours. L’abbaye mère de Marmoutier aujourd’hui également disparue fut fondée en 372 par Saint-Martin de Tours.
La date exacte de la fondation du prieuré n'est pas connue avec précision, la charte de fondation originale ayant disparu. Seules existent des copies ultérieures dont la plus ancienne date du XIIIe siècle. Une étude architecturale et archéologique permet de déterminer que les vestiges les plus anciens du prieuré datent du XIIIe siècle. Les recherches historiques ont d’autre part permis de définir que le prieuré fut du XIIIe au XVIe siècles un établissement important. À la Révolution, le Priieuré était avec celui de Château du Loir le plus vaste des sept prieurés dépendant de Marmoutier qui existaient dans le Haut Maine.
À la veille de la Révolution, le prieuré était déjà en ruines. En effet, depuis le XVIe siècle il était tombé en commende. Les prieurs commendataires sont Jacques et Jean de Courthardy entre 1498 et 1529. Ils en percevaient les revenus tandis que les moines en assuraient le fonctionnement.
Ce procédé, consistant à confier les biens d’un établissement ecclésiastique à un laïc ne résidant pas dans le monastère, va vider progressivement le prieuré de ses richesses. Lorsqu’il est vendu comme bien national en 1791, il ne demeure plus que quelques moines dans le prieuré. C’est à la même époque que certains des bâtiments seront rasés, tandis que le reste des bâtiments servira à des usages agricoles jusqu’au milieu du XXe siècle.
Vendu comme bien national en 1791, il perd une partie de ses bâtiments, rasés en raison de leurs nouvelles activités agricoles. Dans un état de dégradation avancé au début des années 1960, à l’initiative du maire, de l’instituteur et de la population locale, il est racheté par la municipalité qui amorce sa restauration en 1965 avec le soutien de l’émission Chefs d’œuvre en péril. Plusieurs campagnes menées par des bénévoles ont permis de le reconstruire. Cédé au département de la Sarthe en 1974, le prieuré bénéficie de travaux de reconstitution remarquables et représente aujourd’hui un joyau de l’architecture religieuse du Haut Maine.
L’image du jardin monastique du Moyen Âge relève moins de la conception naturaliste que de la vision idéale dans laquelle la nature n’est que le reflet des réalités divines. Il convient donc de contempler la nature non pour sa valeur esthétique mais pour son contenu symbolique au travers du prisme de l’analogie (découvrir le sens spirituel d’une image) ou de la tropologie (chercher la symbolique des choses et des hommes).
Les jardins monastiques se découpaient en quatre parties :
Le projet de recréation du jardin du prieuré de Vivoin ambitionne d’appliquer les normes historiques des jardins monastiques tout en l’inscrivant dans son temps par son exploitation.
Le jardin aura comme pour le musée la volonté d’établir un parallèle entre son histoire et aujourd’hui.